開業医の年収はなぜ高く見える？損益差額と手取りの違いを公的統計で整理

開業医の年収は「損益差額」で公表される

「開業医 年収」で調べると2,600万円前後という数字をよく見かけます。これは厚生労働省の医療経済実態調査による損益差額で、給与ではありません。第25回調査（令和6年度）では、個人立・入院設備なしの一般診療所の損益差額は平均2,591.9万円でした。一方、勤務医の平均は賃金構造基本統計調査で1,512.3万円とされています。数字だけを並べると開業医が高く見えますが、両者はまったく別の定義の数字です。

損益差額と手取りは別物

損益差額は「医業収益 − 人件費・薬剤費・設備費など」、つまり経営上の利益であり、院長個人の手取りではありません。ここから所得税・住民税・社会保険料・借入返済・設備更新費を支払います。たとえば損益差額3,100万円なら、税・社会保険で約35%（約1,085万円）、借入返済などに600万円を充てると、手取りはおよそ1,400万円前後という試算があります。

勤務医の手取りは、年収1,338万円で約800万〜870万円と推定されています。これを前提にすると、開業医は勤務医の約1.6〜1.7倍の手取りという計算になります。ただし、いずれも平均値であり、断定はできません。

平均と実態の差が大きい

見落としやすいのがばらつきです。同じ調査の分析では、損益差額の最頻値は約750万円で、勤務医の給与水準を下回る施設が4割弱、赤字も5.6%あります。診療科別でも差があり、令和6年度は耳鼻咽喉科3,420.8万円、眼科3,372.0万円、小児科3,281.2万円が上位なのに対し、皮膚科1,811.0万円、産科・婦人科1,933.6万円という結果です。集計施設数が少ない科は単年の変動も大きく、平均値だけを自分の姿として当てはめるのは危険です。

医療法人の院長給与という見方

医療法人の無床診療所院長の給与は約2,872万円とされ、賞与は年20万円前後と少なく、勤務医（賞与200万円超）とは報酬の構造が異なります。なお個人立の診療所では開設者の報酬が給与費に含まれない扱いのため、この表には個人開業医の実収入は現れません。

開業医の年収は、勤務医と同じ土俵では比べられません。税金・借入返済・退職金・年金まで含めて判断する必要があります。給与相場の全体像は給与データ、勤務医を含む職種別の情報は記事一覧も参考にしてください。掲載数値は公開統計の参考値であり、地域・規模・診療科により実額は異なります。